Tratamiento digital de imagen científica - Laboratorio de Microscopia Confocal

El tratamiento digital de la imagen científica permite procesar y analizar estas imágenes para obtener resultados con calidad suficiente para su publicación y extraer datos numéricos relevantes para su manejo e interpretación.

La adquisición de imágenes científicas en el laboratorio de Microscopía Confocal, empleando las distintas opciones disponibles para esta técnica, conduce inmediatamente a la necesidad de procesar y analizar estas imágenes para obtener imágenes de calidad y extraer datos numéricos relevantes para su manejo e interpretación.

Además, una vez adquiridas las imágenes de interés, utilizando el Microscopio Confocal, la mayoría de los usuarios precisan asesoramiento técnico para la optimización y el tratamiento de sus imágenes; así como en la elaboración de presentaciones, tanto digitales como impresas.

Por ello, el laboratorio de Microscopía Confocal SIdI-UAM ofrece a los usuarios la posibilidad de asesoramiento técnico o de la realización de análisis de sus imágenes científicas.

Contamos con software de uso libre para poder llevar a cabo el trabajo de análisis de la imagen: procesamiento general, cuantificación de partículas, áreas o profundidad de la imagen, densitometrado de geles, estudios de movimiento, colocación de marcadores, análisis de materiales, análisis de experimentos de FRET Y FRAP, montaje de presentaciones (seminarios, publicaciones), elaboración de macros o action bar (para simplificar el trabajo de procesamiento al usuario).

Por otra parte y, dadas las características de este servicio, en él también tiene perfecta cabida el tratamiento de imágenes científicas obtenidas con equipos externos al laboratorio de Microscopía Confocal tales como: microscopios ópticos y de fluorescencia, microscopios electrónicos de barrido y de transmisión, etc…

El uso y tratamiento de imágenes científicas digitales se realizará siguiendo las reglas éticas referenciadas en la página web del programa ImageJ/FIJI.

• Biología Molecular.
• Biología Vegetal.
• Fisiología.
• Medicina.
• Ciencia de Materiales.
• Microbiología.
• Biología Celular.
• Bioquímica.
• Biomedicina.
• Histología.
• Inmunología.
• Anatomía.

1. PROCESAMIENTO

• Optimización de la imagen
• Edición de imagen: cortar, pegar, cambiar profundidad bits, alinear imágenes, combinar y separar imágenes, redimensionar, modificación de formato
• Ajustes de: color, brillo/contraste, tono/saturación, fondo, basal y fase
• Filtros para la reducción de ruido
• Segmentación: threshold, filtros morfológicos
• Creación de proyecciones: en 3D, topológicas
• Generación de animaciones bidimensionales o tridimensionales.
• Deconvolución

2. ANÁLISIS GENERAL

• Perfiles cromáticos
• Contaje de partículas
• Determinación de áreas

3. ANÁLISIS ESPECÍFICO

• Cuantificación de: intensidad, movimiento y colocalización

4. ANÁLISIS DE MATERIALES

5. ANÁLISIS FRET, FRAP

• Extraer datos estadísticos de experimentos con técnicas F: FRET, FRAP

6. PRESENTACIONES

• Seminarios
• Artículos
• Pósters
• Trípticos

7. ELABORACIÓN DE MACROS O BARRAS DE HERRAMIENTAS PERSONALIZADAS (IMAGEJ/FIJI)

Para utilizar el Servicio de tratamiento digital de imagen científica, debe hacerse una reserva previa del tiempo de uso poniéndose en contacto directamente con el laboratorio (por teléfono o por correo electrónico), con el fin de estudiar junto con el usuario la problemática del análisis a realizar y la manera más adecuada de proceder en cada caso. 

1. Estación de trabajo off-line