Su investigación se ha desarrollado en el ámbito de la biología molecular y la biomedicina, trabajando principalmente en aspectos de la organización genómica y la regulación de la expresión génica en Leishmania, así como en el diseño de estrategias diagnósticas y desarrollo de sistemas inmunoprofilácticos frente a la leishmaniasis. Destacan sus contribuciones al estudio de la regulación de la respuesta al choque térmico, que han permitido poner de manifiesto la importancia de mecanismos de regulación postranscripcional, tales como la estabilización del ARN y el silenciamiento traduccional, en la regulación de la expresión génica en Leishmania. Más recientemente, su grupo se ha centrado en estudios de genómica, transcriptómica y proteómica. Cabe destacar que su grupo fue el primero en reportar el transcriptoma de una especie del género Leishmania y en ensamblar completamente el genoma de varias especies de Leishmania (actualmente incluidos en las bases de datos NCBI, EBI y TriTrypDB), allanando el camino para la realización de estudios de expresión génica a nivel de todo el genoma. Los logros recientes en este campo pueden consultarse en la página web desarrollada por el grupo: Leish-ESP (http://leish-esp.cbm.uam.es/).
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