Estrategias para la mejor de la tasa diagnóstica tras estudios de secuenciación de genoma completo

Línea de investigación

Un 80 % de enfermedades raras son de causa genética. A pesar de los avances en la secuenciación masiva aproximadamente un 40% de pacientes quedan sin diagnóstico tras el adecuado estudio desde la clínica asistencial.  El Programa de Enfermedades Raras No Diagnosticadas, ENoD, es un programa estratégico del CIBERER (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras). ENoD es una plataforma colaborativa para la resolución de casos de todo tipo de enfermedades raras que no disponen de un diagnóstico genético tras agotar el proceso asistencial (en la actualidad casos no resueltos tras secuenciación de exoma). El programa ofrece la secuenciación y análisis del genoma completo, WGS y gracias a ello consigue un incremento en la tasa diagnóstica. Además, fomenta el avance en el conocimiento con el descubrimiento de nuevos genes asociados a enfermedad y contribuye en la implementación de nuevas estrategias diagnósticas (metilación, transcriptómica, biología de sistemas, genómica funcional).

Descripción

Un porcentaje de pacientes queda todavía sin diagnóstico tras la secuenciación de genoma.

Entre las causas está la dificultad en demostrar la patogenicidad de variantes genéticas de significado incierto, que cada vez son más. Al menos en un 15% de los casos analizados se identifican variantes en región codificante en genes que requerirían de un estudio funcional para su caracterización final. Este porcentaje es mayor al analizar regiones no codificantes.

Además, se ha descrito que hasta un 12 % de casos no resueltos de trastornos del desarrollo neurológico y anomalías congénitas, son causados por una metilación aberrante del ADN. La introducción del análisis del epigenoma (metiloma) en los procedimientos de diagnóstico genético mejorará de manera importante la tasa de diagnóstico de estos casos.

Líneas de trabajo

• Interpretación del perfil de metilación de casos con WGS no concluyente. Se buscarán epimutaciones, o el perfil de metilación como biomarcador con capacidad diagnóstica.<
• Análisis y priorización de variantes, revisión de predictores de patogenicidad y reclasificación de variantes de significado incierto en regiones codificantes y no codificantes en casos no resueltos con dos objetivos:
  • Búsqueda de variantes en genes asociados a la clínica de los pacientes y que requieran un estudio funcional para su caracterización final. Planteamiento de los estudios a realizar.
  • Búsqueda de posibles nuevos genes asociados a enfermedad, apoyándonos en herramientas de biología de sistemas, combinando los datos genómicos y conocimiento biológico, y compartiendo estas variantes en plataformas internacionales de intercambio de información (GeneMatcher).

Contacto

Beatriz Morte Molina.

Correo electrónico: bmorte@ciberer.es.

CIBER.

Número de plazas: 2.