El Departamento organiza un Máster de Física Teórica con dos especialidades, Física de Partículas y Cosmología y Astrofísica. Además co-organiza junto con otras universidades españolas el Máster Interuniversitario de Física Nuclear, y participa en el Máster en Física de la Materia Condensada y de los Sistemas Biológicos organizado por el Departamento de Física de la Materia Condensada de la UAM.
El Departamento ofrece dos Programas de Doctorado en Astrofísica y Física Teórica
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