En el año 2005 el Consejo de Gobierno de la Universidad Autónoma de Madrid aprobó la primera convocatoria de proyectos orientados a adaptar las titulaciones de la universidad al nuevo marco del EEES. Desde entonces, esta convocatoria ha tratado de atender a las necesidades derivadas del diseño y la implantación de los nuevos títulos oficiales, siempre con el fin de mejorar la calidad de nuestra oferta académica a través de la innovación docente. En este sentido, conviene mencionar especialmente la convocatoria del año 2009, que tuvo como objetivo la implantación de las nuevas titulaciones de Grado para el curso académico 2009/10.
En el 2010, el programa de Campus de Excelencia Internacional UAM+CSIC inició una nueva etapa que va a marcar la agenda de la Universidad en los próximos años. La convocatoria de 2010 se diseñó para tratar de articular algunas de las iniciativas pertenecientes a los ámbitos de Mejora Docente e Implantación y Adaptación al EEES, del proyecto de CEI UAM+CSIC; esta convocatoria puede considerarse un éxito en términos de participación y resultados en los objetivos que perseguía. A partir del año 2011, las convocatorias de los proyectos para el desarrollo de las enseñanzas van dirigidas a consolidar el proyecto CEI UAM+CSIC, lo que ha supuesto una concreción de las líneas en que pueden enmarcarse estos proyectos de innovación docente.
La participación de los docentes de la Facultad de Ciencias en estos proyectos se ha ido incrementando sucesivamente a lo largo de estos años.
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