La dirección y coordinación de las actividades del Departamento le corresponde al Director, el cual es nombrado entre los profesores doctores miembros del mismo con vinculación permanente a la Universidad. El Subdirector sustituye en sus funciones al Director de Departamento en ausencia justificada de éste o por causa de su cese. Además asesora y asiste al Director en los asuntos de su competencia y en cuantos le sean delegados por el Director. El Secretario asiste al Director, encargándose entre otras funciones de levantar las actas de las reuniones del Consejo de Departamento, que es el principal órgano de gobierno del Departamento. También existen Comisiones dedicadas a cuestiones específicas tales como la organización docente, los asuntos económicos o las infraestructuras. Finalmente, se designan una serie de Coordinadores que se encargan de cuestiones relativas a la seguridad, las infraestructuras científicas del Departamento (laboratorios, cámara fría, fitotrones, etc.), los seminarios o la página Web.
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