Se indican a continuación líneas de investigación de los Departamentos de Ecología de la UAM y la UCM, responsables del programa, en las que se puede realizar la fase de investigación del doctorado. Dentro de cada línea se identifican los investigadores asociados a la misma, señalando si pertenecen a la UAM o a la UCM.
| Alcorlo Pagés, Paloma (UAM) | López Archilla, Ana Isabel (UAM) | Rovira Sanroque, José Vicente (UCM) |
| Baltanás Gentil, Ángel (UAM) | Molla Martínez, Salvador (UAM) | Sánchez Montoya, María Mar (UCM) |
| Corral García, Lara Silvia (UAM) | Morcillo Alonso, Felipe (UCM) | |
| Fernández Martínez, Miguel Ángel (UAM) | Rico Eguizábal, Eugenio (UAM) |
| Arnaiz Schmitz, Cecilia (UCM) | García Llorente, Marina (UAM) | Mustin Carvalho, Karen (UCM) |
| Benayas del Álamo, Javier (UAM) | González Nóvoa, José Antonio (UAM) | Ortega Quero, Marta (UCM) |
| Casado de Otaola, Santos (UAM) | Hevia Martín, Violeta (UAM) | Rescia Perazzo, Alejandro (UCM) |
| Concepción Cuevas, Elena Daniela (UCM) | López de Pablo, Carlos Tomás (UCM) | Schmitz García, María Fé (UCM) |
| Díaz Pineda, Francisco (UCM) | López Santiago, César Agustín (UAM) |
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