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El Programa de Doctorado en Ecología UAM-UCM alienta e impulsa tanto la formación transversal como específica del ámbito de la Ecología. Si bien la actividad esencial del doctorando será la investigadora, durante su periodo de formación doctoral, los estudiantes deberán participar en una serie de actividades formativas relacionadas con su trabajo de investigación:

• Seminarios de Ecología: Actividad obligatoria para todos los estudiantes, que deberán justificar la asistencia a un mínimo de 20 horas de seminarios. Además, el doctorando deberá preparar y presentar al menos un seminario en esta actividad dentro de los primeros los 12 meses tras su admisión al Programa. Para ello, el Departamento de Ecología organiza seminarios periódicos (~1 al mes) y una jornada anual denominada ECO-PhDAY (8h).
• Taller de Métodos Avanzados en Ecología: Actividad obligatoria para todos los estudiantes, con el objeto de promover la mejora en el conocimiento y aplicación de procedimientos específicos (de muestreo, laboratorio, análisis numérico, etc.). Los doctorandos deberán acreditar un mínimo de 40 horas de formación en temas metodológicos. Para ello, el Departamento de Ecología organiza anualmente una jornada sobre Métodos Avanzados (8h), y una jornada científica, coorganizada con el Centro de Investigación en Biodiversidad y Cambio Global-CIBC (8h). Adicionalmente, para cumplir este requisito, los estudiantes podrán acreditar cualquier otra actividad (cursos, talleres, seminarios) que consideren necesaria para su formación en aspectos metodológicos, organizada por otros organismos o centros de investigación distintos de la UAM.
• Presentación de trabajos en Congresos Científicos Nacionales o Internacionales: Actividad optativa, pero altamente recomendada para todos los doctorandos y consistente en la participación en, al menos, dos congresos científicos durante el periodo de realización de la tesis doctoral.
• Elaboración de trabajos publicables en revistas científicas: Actividad obligatoria para todos los estudiantes. Los estudiantes con dedicación a tiempo completo deberán completar esta actividad en su cuarto año; y aquellos con dedicación a tiempo parcial, el séptimo. El candidato a doctor deberá participar de forma activa en la redacción de artículos que recojan los resultados de su investigación con vistas a su publicación en revistas de carácter científico.
• Estancias de investigación en centros nacionales o extranjeros: Altamente recomendable. Estas estancias, con una duración total entre 6 y 13 semanas, tendrán como fin principal para el doctorando el desarrollo de parte de su investigación. Para obtener la mención internacional al título de doctor será obligatorio realizar una estancia de al menos 12 semanas (480 horas) fuera de España.